Монголия впервые утвердила Национальную программу обеспечения прав человека в 2003 году постановлением Великого государственного хурала № 41 и приступила к её реализации.
Впоследствии изменения в положении в области прав человека, а также социальные и экономические преобразования обусловили необходимость разработки новой национальной программы.
В связи с этим в мае 2023 года Национальная комиссия по правам человека Монголии в рамках своих полномочий по контролю за соблюдением прав и свобод человека, закреплённых в Конституции, законах и международных договорах Монголии, а также по защите прав человека и содействию их реализации создала экспертную рабочую группу для подготовки проекта Второй национальной программы обеспечения прав человека. Разработанный проект, включающий 7 целей, 46 задач и 273 мероприятия, был направлен заинтересованным сторонам. Он обсуждался с представителями государственных органов и организаций гражданского общества, работающих в сфере прав человека, а также с жителями регионов в рамках региональных обсуждений. Поступившие предложения были учтены в проекте.
Затем распоряжением председателя Великого государственного хурала № 93 от 2024 года была создана рабочая группа по подготовке проекта постановления «Об утверждении Второй национальной программы обеспечения прав человека». Она занималась доработкой ранее подготовленного проекта и учётом предложений соответствующих организаций и заинтересованных сторон.
В ходе подготовки программы возникла необходимость согласовать её с национальными документами долгосрочного развития и уточнить правовые основания её разработки.
В связи с этим рабочая группа по внесению изменений и дополнений в отдельные законы, касающиеся обеспечения прав и свобод человека, под руководством депутата Великого государственного хурала Х. Баасанжаргал в январе 2025 года внесла в парламент соответствующий законопроект.
Законопроект предусматривал правовую основу для разработки целевой программы обеспечения прав и свобод человека. В частности, в пункт 6.5.9 Закона «О политике развития, планировании и управлении ими» было включено положение о разработке такой программы.
В июле 2026 года Великий государственный хурал принял указанные изменения и дополнения к закону, создав тем самым правовую основу для утверждения Второй национальной программы обеспечения прав человека.